L’ATLC est régie par un Conseil d’administration et s’appuie sur deux comités permanents, le Comité de réglementation/technique des produits laitiers (CRTPL) et le le Comité du bien-être animal (CBEA), de même que sur des groupes de travail du Conseil d’administration, le Groupe de travail sur la gestion des enjeux, le Comité de l’environnement (CE), le Comité sur la gouvernance et les priorités stratégiques et le Comité des finances et de l’audit.